เมืองสุพรรณบุรีเก่าตั้งอยู่ในตำบลรั้วใหญ่ (บ้านขุน-ช้าง) ฝั่งตะวันตกของแม่น้ำ ขณะนี้ยังเหลือ แนวกำแพงดินและคูเมืองให้เห็นชัดระหว่างทางไปวัดป่าเลไลยก์กับศาลเจ้าพ่อหลักเมือง ทางด้านทิศตะวันตกของเมืองนี้ กำแพงทำแข็งแรงเป็นพิเศษสองชั้น มีคูน้ำกั้นอยู่ชั้นนอก มีเนินดินและกำแพงอยู่ชั้นในยาวถึง 3,500 เมตร ส่วนด้านกว้างกำแพงยาว 1,000 เมตร จดแม่น้ำ แต่ไม่พบตัวกำแพงด้านตะวันออก เพราะถูกรื้อเสียในสมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ สมเด็จพระพุทธเจ้าหลวง รัชกาลที่ 5 ได้พระราชทานพระราชดำริไว้ในพระราช-หัตถเลขา เรื่องเสด็จประพาสลำน้ำมะขามเฒ่าว่า "เมืองสุพรรณบุรีมีกำแพงเป็นสองฟากเหมือนเมืองพิษณุโลกยื่นขึ้นไปจากฝั่งแม่น้ำราว 25 เส้น ดูกว้างประมาณ 6 วา นอกเชิงเทิน" ส่วนประตูเมืองตั้งอยู่ที่ถนนมาลัยแมน บนแนวกำแพงเมืองเก่า ประตูเมืองที่เห็นในปัจจุบัน สร้างขึ้นใหม่ตามแบบของกรมศิลปากร ตรงสถานที่ซึ่งสันนิษฐานว่าเป็นที่ตั้งของประตูเมืองเดิม