วัดบัลลังก์ เดิมมีชื่อว่า วัดบัลลังก์ทอง ต่อมาเมื่อทางราชการกำหนดทะเบียนวัดในชนบทขึ้น วัดบัลลังก์ทองจึงตัดคำว่า ทอง ออกเสียเพราะว่าจะได้กะทัดรัดขึ้น จึงเหลือแต่คำว่า "บัลลังก์"

สร้างขึ้น ณ หมู่บ้านป่ารัง ตำบลหนองหญ้าไซ อำเภอหนองหญ้าไซ จังหวัดสุพรรณบุรี เมื่อปีกุน พุทธศักราช 2466 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2537 และได้ทำการผูกพัทธสีมาเมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2540 เนื้อที่ประมาณ 160 ไร่

การสร้างวัดในป่ารังอันรกทึบแห่งนี้ ได้มีสิ่งศักดิ์สิทธิ์เกิดขึ้น สิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่ว่านี้คือ แท่นศิลาแลงสี่เหลี่ยม ตั้งอยู่ในจอมปลวกใหญ่โผล่ขึ้นมามุมหนึ่ง ในสมัยนั้นมีสัตว์ป่าชุกชุมมาก มีพรานป่าเข้ามาล่าสัตว์ เสมอ พรานคนหนึ่งมาล่าสัตว์ มีกระต่ายหนีขึ้นไปบนจอมปลวก แต่พรานไม่สามารถยิงกระต่ายได้ และสังเกตว่าสัตว์จะมาอาศัยอยู่ที่จอมปลวกนี้มาก แต่ก็ไม่มีใครรู้ว่าเป็นเพราะอะไร จนอยู่มาวันหนึ่งมีชาวบ้านมาพบแท่นซึ่งโผล่จากดินจอมปลวก ซึ่งชาวบ้านได้มาสักการะบูชาและบนบานสานกล่าวได้ดังใจคิด ด้วยเหตุนี้ชาว บ้านจึงคิดชวนกันสร้างวัดกันขึ้น เนื่องจากวัดบัลลังก์ เป็นสถานที่แห้งแล้งและกันดารจึงไม่มีพระมาจำพรรษา

จนถึง พ.ศ. 2484 ชาวบ้านจึงได้นิมนต์ พระพร มุนินาโถ มาเป็นเจ้าอาวาส ได้พัฒนาวัดอยู่ได้ระยะหนี่งก็ลาสิกขา หลังจากนั้นวัดบัลลังก์ ก็ขาดเจ้าอาวาส ดังนั้นชาวบ้านจึงได้ปรึกษาหารือและลงมติ นิมนต์ พระอธิการพยุง สุนทโร มาเป็นเจ้าอาวาส